经点算，李部现有官兵4652人，家口4782人，马350匹，象3只，铳1200余杆，虎蹲炮、大杆子铳各百杆，随行官员126人。另有少量被称为俍兵的土司兵，人数大概在八百人左右。
因李部官兵长年在边外得不到粮食补充，所以大多营养不良，并且缺少武器，短期之内难以迅速恢复往昔战斗力，投入对清战事。故邵九公和李定国商量之后，将李部官兵分批迁往昆明安置，休整半年并补充之后，再行调用。
镇江已将对李定国部的整编计划快马送至，按这份计划，李定国和白文选所部将连同云南吴军被整编成三个镇，一个甲级镇，一个乙级镇、一个丙级镇，归属第三战区统一指挥。
整编后剩下的老弱病残一律就地裁撤，给予遣散费，安置在云南各地，由各地官府重新上册，发予田地，组织互助开垦，使他们能够自食其力。李部随军家口也都安置在昆明。
三镇兵分别由总兵吴三省、提督张大元、原孙可望驾前军总兵、后在柳州大战归降太平军的周国定统领。
李定国在了解了太平军甲、乙、丙三镇编制区别后，对这个整编方案没有意见，反而很是高兴。因为他的部下是被整编成甲级镇，这意味着周士相对他麾下将士的战斗力是认可的，对他李定国也是真的极其信任的，不然，也不会将他的部下整编为太平军的第九个甲级镇。
经历了孙可望降清、西南沦陷、边外流落、屡次救驾却被视为逆臣，一腔忠心换来的只是不断的背叛之后，李定国现在真是看透了。从前，他一心扶保朱明，驱逐满州，恢复中华。现在，他只想让手下这些追随了自己十多年的老弟兄这辈子还能返回他们的故乡——陕西，至于天子是何人来做，他倒是不再看重了。
早些年和孙可望争权夺利的心思，李定国已然不存，甚至于他隐隐有些后悔当年不应该被朱由榔拉拢，背叛义兄孙可望，导致大西军的基业全盘葬送。
朱由榔是怎么死的，李定国根本不关心，对于这个懦弱无能的皇帝，他真的是寒透了心。他现在只希望周士相能够诺言，让他李定国能在战场上再次和满清对决，替死难的千千万万同胞复仇。
这种心态下，李定国自然不可能对部队整编和各级将领安排有什么不满和异议，哪怕他看出这个这个安排有些防范他的意思，他也视若不见。倒是白文选眉头皱了皱，心里有些不痛快。
白文选不痛快的原因是因为张大元曾是洪承畴手下的鹰犬，提督云南时没少让边外明军吃苦头，所以张大元和他的部下是有血仇的。可现在此人却摇身一变成了太平军的镇将，这难免让他心里有芥蒂。可想若非张大元除掉林天擎，云南也不会这么快易帜反正。便是再晚一些，木棉州城外都不知伏尸多少了，他和晋王也不定能活下来。
这么想着，白文选对张大元的恨意就淡了些，可对周国定，却是仍放不下恨意。这人，在他看来，就是一卑鄙无耻的小人，却不知怎的走了这等狗屎运，成了太平军的镇将。
周国定知道自己被任命为云南暂编镇的镇将后，心里也是一咯噔。他担心白文选会找自己麻烦，因为他当初曾随白文选背叛孙可望投靠李定国，可在清军入滇后，他却立即倒戈降清，并参与了对白文选的围攻，害得白文选仓惶南逃，连巩昌王的金印都叫清军缴获了去。
这一仗，也是白文选平生所打的最狼狈，损失最惨重的一仗，他的妻子和两个儿子就是在此战被清军所杀。
有这深仇大恨在，白文选对周国定这个叛徒咬牙切齿，周国定也肯定白文选恨自己入骨，所以他不想去云南当这个镇将，更不想和白文选碰面。对方虽说是郡王，可自己现在在太平军中也是旅校，只要躲着他，白文选难不成还敢到他的军营来找他不成！
周国定打定主意不去，请战区重新任命人选，可战区都督邵九公却不理睬他，对他言明，除非他现在咽气，要不然这个镇将他不当也得当。
没有办法，周国定总不能真个就把自己脖子抹了吧，于是只好在同是驾前军出身的同僚陆三香等人“你多加保重”的眼神下，硬着头皮去云南上任。
走到半路，周国定却一下精神振发，因为他想到白文选虽是个郡王，可落难的凤凰不如鸡，他若真敢找自己这个镇将麻烦，大不了和他硬顶就是，想来白文选也不敢真的得罪太平军。自己先前想的，完全就是自己吓唬自己，他白文选刚从边外被救回来，就敢对他这打进西南的太平军有功将领下手？他真敢如此，那就是叛乱，自己大可领兵直接干掉他。
念头豁达之后的周国定，当真是有了万般胆气，这胆气就是他身后站着的太平军，是他的身份。他不相信白文选吃了熊心豹子胆敢动他这个太平军的镇将。
同时，周国定也在猜测，战区都督让自己这么一个和李定国、白文选都不对付的人去云南当镇将，是不是也有监视李白旧部的意思？
这个念头一出来，周国定越想越对，因为另一个镇将张大元并非大西军出身，和李、白二人走不到一起去，甚至和李、白二人还有仇恨。因此张大元和自己一样，只有紧抱太平军大腿这一条路可以走，绝不会倒向李、白。
云南三镇兵，现在就吴三省那个镇是李、白旧部改编，另外两个则是彻底投了太平军，所以李、白想在云南做什么，只怕根本不可能了。
至少，周国定是这样看的。
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周国定走后，邵九公摇了摇头，他现在除了头疼如何整编云南吴军和李定国部外，还得头疼如何当好这个归晋王节制的第三战区都督。
邵九公这第三战区都督真的不好当。
周士相善待李定国，希望李定国日后能在伐清战事再次展现他李晋王的威风，因此没有就此彻底削弱李定国，将他召至南都做个闲散王爷，而是明确交待第三战区，除了接受大都督府的命令部署和将领职务任免外，实际战斗指挥由李定国负责。
有这道命令在，邵九公自然不敢违令，所以他请李定国和白文选到贵阳，为半年后的出川入陕之战做准备。届时，李定国将以亲王之尊指挥第三战区打进西北。
对李定国，邵九公虽是满清绿营出身，但也是十分尊崇的，也愿意接受李定国的指挥。可有些事情，他却不能不提前考虑。大帅是敬重李定国，一点也不提防他，但第三战区是太平军的五大战区之一，所辖新五军也是太平军的五大主力之一，其余乙级镇、丙级镇多达12个。加上现在云南整编的三镇，整个第三战区所辖的甲级镇就有3个，乙级镇4个，丙级镇8个，总兵力达到了15万多人。
如此庞大的兵力，是其余四家战区任何一家都赶不上的，虽然真实战斗力可能排不到前列，但毕竟实打实的兵马在这里。并且第三战区也是地盘最大的一个战区，负责广东、广西、云南、贵州、四川（川东南）五省，并且承担攻略陕甘的重任。
这么一个大战区，便是周士相真的完全放心交给李定国，邵九公和第三战区的太平军将领们也不敢真的就这样做。
人无伤虎意，虎有害人心。
邵九公从最坏的角度考虑，如今李定国和白文选从边外带回的残兵只有四五千人，故而他们没有野心，也没有这个实力去支撑这个野心。可真要全盘接手了第三战区，面对五省地盘和十多万兵马，昔日那位假黄钺、代天子出征的李晋王就真的无动于衷，彻底放弃权力了吗？他愿意，白文选又是否愿意，那帮从边外回来的明军将领们又是否愿意？
第三战区如果生变，对整个抗清大业都是沉重打击。邵九公不愿看到那样的事情发生，不愿看到自家大帅有朝一日会和李定国兵戎相见，因此他做了这个“小人”。
任命张大元和周国定为云南新编三镇的镇将，是邵九公防范的一个手段。同时设在贵阳的第五战区都督府也加紧了对原吴三桂军、降清大西军的整编，一些被邵九公认为不可信的吴军将领被他不动声色的从军中调开，或“保举”到朝廷，或和其它战区对调，以最大程度避免第三战区内部因为李定国的归来产生内部分裂的苗子。
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离开木棉之前，李定国派人携带大量药材前往孟马、孟养等地，尽力救治染疫士卒，并收拢流散在缅甸密林中的散兵。为了不让一个士兵流落边外，李定国特意让勒统武在打洛和木棉设立两处收容站，准备足够的食物和药材，保证每一个被找到的士兵都能活着踏入故国土地。
晋王李定国归国的消息很快从云南传向四面八方，建昌的庆阳王冯双礼、延安王世子艾承业第一时间派人前来云南，表达他们对晋王归国的喜悦心情。
夔东督师文安之在知道晋王归国后，也立即派次子文协吉从夔东赶至贵阳，欲请晋王能够至夔东坐镇。这让刚到贵阳的李定国感到十分为难。