郭之奇回京之后，周士相原想渡江到扬州去视察江北方面收容流民的情况，不过却接到了广东巡抚廖瑞祥请辞广东巡抚的奏疏。
周士相甚是担心，以为廖瑞祥染病，不能任事，这才请辞，因此想着是不是将廖瑞祥接到江南来养病，他记得这位当初因为“反诗”下狱待斩的老人家乡就是浙江绍兴。
去年宋襄公就曾得过急病，着实让周士相担心了一阵。现在廖瑞祥再生病，亦让他焦虑不安。
周士相是念旧之人，宋襄公和廖瑞祥是他起兵之后一直依重的两位文人，现在一为两广总督，一为广东巡抚，替他打理着广东这个大后方，任劳任怨，不可谓不尽心。不管二人中的哪一个出了事，周士相都心中难安。
可是打开廖瑞祥的奏疏后，周士相却愣了一下，旋即很是讶然。因为廖瑞祥请辞广东巡抚，并非身体原因，而是他坦承自己追随周士相数年，已然厌倦每日置身于大量政务之中，故而不想再当官，而是想做学问。
廖瑞祥所言的做学问，乃是提出由他组织人手重修《元史》。
这还真是一门大学问。
不过周士相有点丈二和尚摸不着头脑，因为《元史》早在明初就已编修完成，何必重修？这不是吃饱了撑的么？而且修史可不是什么清闲事，实是一件浩大无比的工程，廖瑞祥放着好好的巡抚不做，却要以年迈之身投入这项大工程中，实在是叫人难以理解。相较修史，巡抚要处理的政务，那恐怕是轻松的不能再轻松了。
周士相困惑无比，但当他仔细看过廖瑞祥的奏疏后，眉头却深深的皱了起来。
许久，他放下廖的奏疏，但脑海中思考的仍是这份奏疏所提到的大问题，一个大明开国之初就被刻意淡忘或者说忽视的大问题——蒙元非中国，焉能为其修正史，视为中国正统王朝。
廖瑞祥认为当年太祖洪武皇帝起兵之时乃是以“驱逐鞑虏、恢复中华”为口号，将蒙元视为胡虏，檄文有言天道好还，中国有必伸之理。那么建立在“驱逐鞑虏”基础上的大明朝便是继承宋王朝的正统地位，而蒙元乃是外来政权，根本不能视为中国传统王朝，因此明初所修《元史》存在重大失误，必须重修，将元朝视为辽、金、西夏等异族政权，而非大一统的中国传统王朝。
为了佐证自己的观点，廖瑞祥拿如今已是太平军军歌的《红巾军歌》举例，歌中直言“手持钢刀九十九，杀尽胡儿方罢手”，而明军是红巾军的组成和继承者，那么显然，在明军眼中的蒙古人乃是胡儿，一个胡儿创立的王朝，却被推翻他们的汉人王朝视为正统，并且还修史祭祀他们的帝王，这不是滑天下之大稽么！
廖瑞祥认为这绝非太祖皇帝本意，因为太祖皇帝在赐高丽国书中直言“元非我类，入主中国百有余年，天厌其昏淫，亦用殒绝其命。华夏泼乱十有八年，当群雄初起时，朕为淮右布衣，暴兵忽起....北逐胡君，肃清华夏，复我中国之旧疆。”
又在赐日本国书中言：“上帝好生，恶不仁者。向我中国自赵宋失驭，北夷入而据之，播胡俗以腥膻，中土华风不竟。凡百有年，孰不与愤?”
赐占城国书言：“曩者我中国为胡人窃据百年，遂使夷狄布满四方，废我中国之彝伦。”
赐爪哇国书言：“中国正统，胡人窃据百有余年，纲常既隳，冠履倒置，朕是以起兵讨之。”
洪武年间颁行天下的振兴文教诏书更是言称：“自胡元入主中国，夷狄腥膻，污染华夏，学校废驰，人纪荡然。加以兵乱以来，人习斗争，鲜知礼义。”
在明军大举北伐时，太祖皇帝又在《谕中原檄》中称“自古帝王临御天下，皆中国居内以制夷狄，夷狄居外以奉中国，未闻以夷狄居中国而制天下也。”
廖列举了很多洪武年间的诏书，向周士相证明太祖皇帝一直是将蒙元视为胡人，夷狄的。但为什么明初还要修元史，承认元朝为中国正统王朝，祭祀从伏羲到忽必烈的16个中国帝王，又祭祀包括木华黎、博尔忽、博尔术、赤佬温等蒙古将领。
这个问题周士相也奇怪，堂堂正正推翻鞑虏、恢复中华的大明朝，为何在立国之后反而会承认他们推翻的对象，将明兴元亡视为正常的改朝换代，而不是一开始的种族反抗。
两者结果是一样，但本质却完全不同，改朝换代相较汉民族因为百年压迫而奋起反抗，性质上可是天地之别，是严重淡化了汉族所受的苦难，是美化异族侵略者。
廖瑞祥对此的理解，是文人的错，儒教思想的错。在他看来，主修《元史》的那帮文官，骨子里和奋起反抗的明军将领不一样，他们对蒙元是亲近的。在明朝讨伐元军的过程中，有大量汉人只尊元朝为正统，拒不承认明朝合法性。
如元朝户部尚书张昶，被太祖皇帝软禁之后就接受了明朝官职，可此人却身在曹营心在汉，一直与元朝暗中勾结，后来事情败露，太祖皇帝派人审问，张昶竟然不慌不忙的写了八个大字：“身在江南，心思塞北”。
又如被朱元璋称为“奇男子”的蒙元大将王保保，他帐下也有个名叫蔡子英的汉族官僚，此人对元朝忠心耿耿。蔡子英被明军抓获，然而却誓死不降明朝，也不向朱元璋下跪，反而日夜大哭，思念元朝旧主。
便是如李善长、刘基、宋濂等开国文臣，对蒙元也都是持肯定而非否定。整个朝廷的文臣集团都是这个态度，太祖皇帝又能如何。只有承认了元朝的正统地位，明初那一大批曾经出仕元朝的官员才能洗清从前污点，极度阿谀蒙元的儒家才能继续在明朝售卖他们的思想，继续过着人上人的好日子。
廖瑞祥认为蒙元对汉人百姓极其残忍，但对汉人的读书人却极其优容宽待，这也是导致为何元末有那么多汉人读书人誓死为元朝效力的原因。这一点，和满清入关之初极其相象，正因为清军入关之初全盘收纳明朝的官员，承认明朝的士绅地位，这才迅速占领大半个中国。甚至于，顺治五年以后对南方明军的征讨，完全是由这些投降的汉族士绅在主持。
所以，廖瑞祥在痛定思痛之后，深刻意识到甲申之后为何天下迅速沦陷于满州异族之手，完全是因为明初对蒙元的不正确认识导致。
如果明初坚定的对蒙元清算，就绝不会有今日之局面。承认元朝，就是承认异族对中国有合法占领，就是承认那些为蒙元效力的汉族官僚不是汉奸，同时也是承认明兴元亡是正常的改朝换代。那么，儒家思想熏陶的汉族读书人就可以心安理得的再次接受另一个异族入侵，从而在心理上得到安定，理直气壮的做汉奸。
国可亡，教不可亡，便是儒教两千年来立身之基，立身之论。
廖瑞祥奏疏上说了很多，周士相从中看到了对于儒家思想的批判，虽然廖并没有完全提出民族主义这一概念，但显然，他已经摸到了门槛，但离内在还有很大差距，毕竟，廖仍是这个时代的传统文人，并非如同周士相一般接受了民族国家观点的后世人。
但廖瑞祥做为这个时代的传统文人，能够看到这一点，已然是极其难得。有明一代，可从来没有一个人敢于置疑《元史》的正统性，敢于否定蒙元。从这方面来说，廖是第一人。
时代塑造一个人，也塑造人的思想。周士相相信，廖瑞祥敢于提出蒙元非中国论，要求重修《元史》，完全是甲申以来中国之乱对他的影响。
为什么会出现今天的局面，为什么那些士绅蜂涌降清，争先剃发？原因还不是因为明朝承认了元朝，所以清朝这个异族同样也可以是正统王朝。
不过廖的观点有着很大的时代局限性，诸如将明初修元史，承认元朝为中国正统王朝完全归咎于那些亲近蒙元，或在蒙元治下享受好处的文官们，而不是太祖皇帝。
如果朱元璋不答应，凭开国之君和他那雷厉风行的手段，周士相不以为宋濂等主修《元史》的官员敢承认元朝，这件事，归根结底还是权谋手段的体现，或者说是儒家思想的一种体现。
这种儒家思想就是典型的驼鸟思想，没有办法反抗，就把头埋起来，装作什么都没有听到，没有看到。只要这个外来者承认儒教，继续尊孔，那万千儒教的读书人就当它是自己人。
等到了满清入关，这个思想便再次有了用武之地。
也许，朱元璋自己也没有认识到官方修元史，祭祀忽必烈等蒙古人会有怎样的遗毒，他也许是单纯的想用这个手段拉拢北方的士绅，也可能是真的认为自己顺应天命，也可能他真的是被那万千读书人迷惑住了。这就是时代的缺陷，身处儒家思想“繁盛”的时代，哪怕是开国之君都不能从儒家影响中挣脱出来，反而要拉拢、重用儒教。
朱元璋，再雄武大略，也是封建统治者。
他给各国的诏书，给臣民的诏书都称蒙元是胡人，异族，很可能是秉性而为，照心里想法直说。但官方却承认蒙元，修《元史》，在周士相看来，却更多的是这位草根皇帝没有将修史当作一回事。《元史》331天修成，恐怕也正是这位开国皇帝内心真实想法的写照。然而他不当一回事，儒教却当一回事，那些谁强奉谁的士绅地主们当一回事。
重修元史，是廖瑞祥理解的可以肃清思想的最好办法，他简单的将今日中国之局面和《元史》联系起来，他的观点周士相总结了一下，就是蒙元非中国，或者说元清非中国。
蒙元肯定不是中国，这一点无庸置疑。元朝是由蒙古这个野蛮民族所创立，从创立之初，元朝就不曾将汉人当过他们的子民，而是视汉人为亡国之人。他们肆意屠杀、掠夺，无恶不作，完全视自己为汉人的征服者。这种政权，也就是那些儒家读书人能厚颜无耻的称其为中国，换作那些被压迫的老百姓，就纯碎是去他娘个逼了。
满清和蒙元不是相象，而是一模一样，都是压迫奴役汉族百姓，拉拢汉族读书人。而读书人是汉族的天然精英，他们掌握着所有的资源，掌握着话语权，由着这些人去修史，后果自然是极尽赞美异族，否则，他们何以安身立命。
然，对于百姓而言，却是苦了。一小部分人有屠杀大部分人的特权，有奴役大部分人的特权，自家的读书人却美其名曰统一大王朝，百姓们何想，何做。
元末，成千上万的汉人聚集在黄河边上，发出了华夏沉沦百年的最强音。现在，成千上万的汉人聚集在周士相麾下，同样发出了复仇的声音。
不论前者，还是后者，都不是读书人，而是他们视之为蝼蚁的百姓。
周士相哪怕做皇帝，他也绝不会做封建时代的皇帝，所以他和朱元璋不同，他决定重修《元史》，彻底否认蒙元。不但重修《元史》，更要将忽必烈从帝王庙中迁出，将木华黎那帮蒙古人也从祭祀历代名臣的庙中迁出。除此以外，他决定要大张旗鼓的宣传蒙元非中国论、满清非中国论，以此来否定儒教，否定满州。
只有让天下人知道蒙元和满清并非中国，那么接下来的问题就简单明了。那些继续替满清效命的汉族士绅，要么回到中国怀抱，要么顶着汉奸的名声死去。
至于前世所谓否定元清，就等于是将蒙古、东北、新疆、西藏等地分离出去，在周士相看来完全是个笑话。这些地方，在历史上从来不属于哪个民族，更不是哪个政权的私产。元、清固然统治过这些地方，可中国的汉、唐、明同样也统治过这些地方。凭什么认为元清非中国，就等于承认这些地方不是中国的呢？
蒙元也好，满清也好，都是汉人的亡国史。历史已经发生，事实不容改变，那我们就当勇敢承认，而不是不敢面对，不以此为耻，反以此为荣。
失败不可怕，被征服不可怕，可怕的是我们的文明被中断，我们的传承被打断。可怕的是面对征服者的屠刀，我们的读书人却在那高声赞颂。
失去的，我们要自己夺回。
周士相一时难忍心中情绪，提笔回复廖瑞祥，让他即日进京，主持重修《元史》。随后，他以大都督的名义，命扬州、江阴、福州、广州、赣州、南昌、太仓等曾经被清军屠城地方，调查死于清军屠杀的遇难者姓名，统一成册，立碑立馆纪念。
南都，亲军也接到命令，“组织”六部大小九卿衙门官员前往各地参观清军暴行。《扬州十日记》等记载清军暴行的书籍、小册也被大量从民间收集，由官方统一加印出版，成为各级学堂学子必读书籍。