行宫冲击闹事案沉重打击了广东永历旧官僚士绅势力，令广东政局得到暂时平静。
六日，内阁奉请监国殿下，上绍武帝谥号为：文宗貞天應道昭崇德毅甯文宏武達仁閔孝節皇帝。监国允，考虑国家财政困难，不兴建帝陵，只将绍武帝灵位自唐国宗庙迁至太庙，与隆武帝并祀。
绍武帝自缢殉国后，李成栋命人将其尸骸与同殉的一干明朝藩王、大臣合葬在越秀山木壳岗内，民间称之为绍武君臣冢。
八日，周士相领百官往木壳岗祭拜绍武帝，礼部侍郎洪士铭作祭文。礼制毕后，周士相又以帝婿身份执进家礼。
从越秀山回城后，雷州送来急报，乃赵自强使人快船报讯，称安南已送还大长公主及永历朝臣一行，赵自强择日便将安排船只送大长公主一行回广东。使者还带来一封徐应元的密信，上面言之确凿的声称天子确实册封周士相为齐王，圣旨就在公主处。此事有永历内阁次辅大学士扶纲、户部尚书龚彝、兵部尚书孙顺、礼部尚书程源、户部侍郎万年策、礼部侍郎郑逢元、大理寺少卿刘沁、广平伯陈建、尚宝监马姓太监等人可以做证。
看着名单上那一长串能够证明此事为真的永历朝臣，周士相自是大喜，不疑有它，连忙吩咐下去，命雷州方面做好接船准备，一旦公主驾来，立即护送至广州。为防有失，周士相更令张安亲自带人往雷州，确保公主和齐王册书安全。
宋襄公等人听说齐王册封一事为真后，都是兴奋不矣。宋襄公进言，不妨等待公主及齐王册书至广州，由内阁会同礼部举行晋齐王典礼后再行北伐，如此三军将士必将鼓舞。
以国公之身领军北伐和以齐王之尊领军北伐，二者地位声势、政治影响力自是天壤之别，后者尤利广东正在开展的镇反运动，故周士相欣然同意。然而，军情司却收到江南方面紧急军情，称郑军已经入江，且取得瓜州、镇江大捷，这让周士相眉头大皱，深感必须马上北伐，否则恐会生变。
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郑军是于6月17日进军长江，20日进至江阴，清朝文武官员凭城扼守。郑成功接受诸将建议，以县小不攻，率师西上。22日进攻瓜州，阵斩清游击左云龙，破敌兵马数千，截断清方用铁链、船只连结而成的锁江防线“滚江龙”，焚毁清军江上浮营三座，夺得谭家洲大炮数十门，使清方苦心经营的江防工事全部瓦解。
同一天，郑军攻克瓜州，清操江巡抚朱衣助投降，郑成功命援剿后镇刘猷镇守该城。清江宁巡抚蒋国柱认为郑成功必取镇江，即飞书要求苏松提督马逢知、江南提督管效忠派兵援助。管效忠收到消息后，率领南京满兵4000余人、绿营3000余兼程赶往镇江。出发之前，满州将领皆轻敌，认为郑军不堪一击。
管效忠领军赶往镇江时，苏松常镇提督马逢知因钱谦益劝说按兵不动。24日，郑成功率参军陈永华等人，登上镇江七里港高处远望，见到清军在银山下驻扎，营账相连，战马嘶鸣，不下万人之众。
郑成功有些凝重的对陈永华等人道：“鞑子骑马甚快，不知是否还有援军？我们必须速战！”又问参军此地形势如何，可利决战。
“银山是京口门户，距离城门五里，鞑子骑兵若先上山，由高处向下突驰，对我军不利。”陈永华回道。
郑成华微一点头，旋即下了决心，果断吩咐：“白天行动，易被鞑子侦知，仓皇应战反而不好。传令各军准备，后天二更衔枚登山，要让他们措手不及！”
26日天刚亮，清军发现郑军已上银山，距离已不到二里，管效忠大惊，立即布阵防守，郑军也随之分派为三迭，互相支持。
管效忠命亲兵挥舞令旗，清军满州铁骑齐声吶喊，兵分五路向上仰攻，第一股部队近二千人，直奔郑军腹心，欲先夺下指挥中枢。郑成功从容应对，下令各部还击，顿时鸟铳、营炮齐射，清兵被射倒不少，但后排骑兵仍奋勇向前，速度之快，果然不同于以往接战的清兵。见状，郑成功下令出动铁甲精兵，顿时，六千余名身穿重铠甲，手持盾牌与蛇矛的铁甲兵以数阵向清军骑兵杀去。
清军的习用战法，是先以骑兵快马加鞭冲入敌阵，然后大肆砍杀践踏，让敌军阵脚大乱，接着再以强弩力射，以收拾战果。没想到郑军铁甲兵毫不畏惧，屹然不动，待清军骑兵接近，就举矛猛刺，马匹受伤惊慌，人立起来，冲力大减。领军满州将领经验丰富，见郑军铁甲兵难克，前进受阻，立即传令后退，以弓箭还击，双方箭如雨下，郑军有备，前锋又皆铁甲精兵，伤亡不多。
一番调整后，管效忠命牛角齐鸣，下令再次出击，顿时喊杀震天。郑成功亦传令虎卫亲军持团牌、斩马刀上。于是郑军士兵三人一组，一人持藤牌挡箭，一人挥大刀斩马，一人砍人，手起刀落，清兵纷纷落马，不得不与郑军进行肉搏血战。郑军个个奋勇争功，清军完全占不到便宜。
管效忠见郑军英勇，己方攻势不利，伤亡惨重，遂下令再次后退。清军迅速退至一箭距离之外。与满州诸将商议之后，管效忠命令各部重新列阵合为一股，准备以更强大的力量再次冲杀。
郑成功当然不会静待清军动作，他下令调来大量鸟铳、倭铳和斑鸠铳密藏阵中。清军骑兵冲到之时，郑军令旗挥动，锣鼓大响，士兵纷纷向两侧退让，来不及移动的士兵，则立即就地伏下，配置在阵中后方的炮、铳火器，快速移动上前，“砰砰”连珠齐发，清兵中弹落马，马匹四处践踏，一片血肉模糊，惨不忍睹。
清军铁骑何曾见过如此强大的火力，纷纷夺路窜逃，管效忠惊恐交加，拔刀于阵前大喊：“不许退，谁退我砍谁！”
然清军溃兵无人听令，管效忠阻拦不住溃兵，郑军铁甲精兵又趁势冲杀，致使清军大败，伏尸无数。管效忠无奈，只能仓皇而逃。郑军追杀急迫，管效忠武艺高强，为人勇猛，他同时勒马数匹，郑军铁甲兵斩他一匹马，他就跃上另一匹，马头三落，他三跃换马逃去，所部四千满州兵，只存一百四十人。
回到南京后，管效忠对两江总督郎廷佐和江宁驻防昂邦章京硕尔辉哭道：“我从满洲进入中原，经历十七场战役，从未败得如此之惨！”
银山之战从早晨战至下午，整整四个时辰，清军损失惨重，遗弃甲冑、马匹、弓箭、炮、铳等军资无数。而郑军布置得宜，损失不大。清镇江守将高谦与知府戴恩等官员，先是见到郑军浩大船队，再目睹己方满汉精锐，几如摧枯拉朽一般被郑军覆灭，自知难以抵挡，只得献城投降。郑成功命右武卫周全斌、后冲镇黄昭入城防守，降将高谦以熟悉地利留之协守，其部下兵马调随主力进攻南京。又派工官冯澄世为常镇道，戴可进仍署知府事。
清两江总督郎廷佐等人于南京度日如年，只以为郑军大军立刻就会攻打南京，不曾想郑军行动异常缓慢，在镇江滞留多日。郑成功严令各部必须谨守军纪，故郑军在镇江的良好军纪令得附近各城归附者接踵而至，句容、仪真、滁州、六合等城相继来归。然而，进攻南京这一头等大事却迟迟未行，郑成功仅派兵部张煌言和杨戎镇往浦口安抚。
30日，郑成功认为镇江地区已安抚就绪，才召集各提督、统镇会议，讨论进攻南京事宜。会议开始时，郑成功问诸将进军南京是走水路快，还是走陆路快。中提督甘辉认为兵贵神速，值此根山大捷，清军亡魂丧胆，南京根本无力防守，郑军当由陆路长驱，昼夜兼程而进。若南京清军敢迎战，则以破竹之势一鼓而收。清军不出城迎战，则郑军合围南京，先绝其援兵，则孤城不攻自下。
甘辉反对走水路，因为此时风信不顺，走水路势必耽搁时间，南京方面很可能因此而得以喘息，又能得援军增援，到时凭南都坚城固守，郑军破城将有麻烦。郑成功准备采纳甘辉意见，由陆路快攻，可是其他将领却以郑军远来，不习水土，兵多负重，天气又炎暑酷热为由反对走陆路。有人又提出现在正下大雨，河沟皆满，不利于行军，若走陆路，大军很可能因泥泞而不得进。
郑成功思来想去，放弃了走陆路的打算，决定由水路进发。结果由于郑军所乘海船形体巨大，逆水而上，又不顺风，靠纤挽才能行进，以致周士相接到江南这一军情时，郑军在江上已经行了八天，却离南京仍有两三天路程。
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除了军情司辗转从江南发来的军情外，韶州的唐三水也提供了有关江南之战的最新动向，两相佐证，江南发生的战事便大体呈现在了议事厅内就坐的北伐军诸将的面前。
苏纳“哧笑”一声，对众人道：“郑军诸将鼠目寸光，他们不习水土，难道江南那些满汉兵马就习水土了吗？兵贵神速这个道理，便我从前为满州人时不识一字也懂，他郑军上下十数万，就无一人懂？这拖拖拉拉的，不是给了郎廷佐和硕尔辉、管效忠活命的机会么？就这耽搁的功夫，我估摸着南京附近那些清兵早赶去了，安庆的岳乐可是满州亲王里难得的知兵之人，不消说，这会只怕也带兵增援南京去了。延平这一仗，我看悬，弄得不好，很可能无功而返。”
十五镇镇将齐豪却不同意苏纳这个看法，他道：“镇江一战，驻防南京的满州八旗算是全军覆没了，江南那些兵又多是绿营，就算南京得到了援军，恐怕也不是郑军十来万大军的对手。延平走了水路，拖是拖了些，但大军真兵临城下，清军怕也守不住南京。”
苏纳笑了笑，摇头道：“郑军十来万大军不假，可多是水军，真正陆上能战的兵马顶天也就两三万。想要攻下南京城，两三万兵马是不顶用的，要知道那南京城可不得了的很。”
“怎么？南京这城有什么不得了的？”齐豪有些诧异。
“南京可是咱大明的两都，那城墙修得北京城怕是都有所不如啊。若城内守军死扛，单以强攻要想拿下南京城，郑军怕是损失不起。”苏纳道。
“照你这么说，郑军拿不下南京喽？”
刚从牢里放出来没几天的蒋和脑袋上顶着好大一块疤，却是被周士相拿鞭子打的。
“能否拿下南京城，得看那位国姓爷有多大的毅力和决心了。”苏纳没有正面回答蒋和。
刚刚出任新一镇镇将的王.辅臣起身道：“大帅，管他郑军能不能拿下南都，咱北伐军都成立一个多月了，也是时候北上了，弟兄们老窝在家中总不是个事。”
新一镇便是原先的湘西剿匪军第一镇，现下为北伐军编制里的新一镇，另一镇为新二镇，仍在湖南的四镇则分别为新三、新四....广东这边以第一镇和第三镇扩编的三镇兵为第七、第八、第九三镇，因为这些兵马战斗力较弱，且多是新编，所以冠以新字头，以示和主力镇的区别。除北伐军中的新一、新二两镇，其余新字镇基本都是地方驻军，承担后方稳定和治安剿匪任务，同时也负责向主力镇输送兵员，换言之，各地的新字镇都是二线部队，只比地方保安团队稍强。
不过王.辅臣这个新一镇战斗力不比主力镇差，因为他这个新一镇有四旅兵，其中一旅便是他从广西带回来的蒙古骑兵。新二镇的镇将是原第一镇的旅校朱庆来。新镇和主力镇各官职衔相差一等，如主力镇的镇将是指挥使衔，新镇的镇将则是指挥同知衔。