山南城被屠之后，山南府所辖各县均被明军暴行震住，当地官员纷纷派兵约束境内，不许对汉人进行仇杀，同时士绅商人花重金请汉人出面前往明军处说和，仿宝州例以赎城费用换取县境安宁。对此，明军欣然笑纳，除钱粮以外，另要安南地方各县提供500至1000不等的青壮劳力以供大明雇佣。
雇佣时间为三年，届时结算工钱使人回乡，大明保证雇佣之安南工人人身安全。同时，明军还提出条件，鉴于前阵安南大规模屠戮汉人无辜百姓，为防此事再次发生，当地汉人聚居处当成立保安队，择汉人青壮授以武器以求自保之力。汉人保安队之钱粮供应开支，当由安南地方负责，以示惩戒。
若单是给钱给粮便罢了，明军还要人，更过份的还要武装治下汉人，这条件不是丧权辱国、埋下大祸是什么。
山南各县安南官员也不是傻子，当然知道明军没安好心。所以9个派人来洽谈的县只有3个捏着鼻子同意了明军要求，其余要么是怒声指责，要么是不置一言。结果短短数天之内，明军又打破两城，尽如山南府城例被屠戮一空。于是，苦等中央援军未果，自身又无力保家卫国的安南地方官员们纷纷再次派人携带大量酒食前往明军驻地犒军，随后，便各自签下条约。这些条约被明军统称为地字约，即非郑氏中央所签条约，不具备法理性，但大明讲究礼信，为免两国军民再有伤亡，对签署地字约的安南地方一视同仁。
在山南各县安南地方官员的“配合”下，安南人民大规模反抗侵略军的壮举被镇压，无数青壮男丁在家人的哭泣下被安南官兵用绳子捆绑送往明军营地。山南境内的汉人因为明军的支持，也纷纷组建保安队，一方面自保，另一方面却又配合明军和安南官军镇压境内安南人的反抗力量。
山南境内还未彻底平定时，牛根生又率部进犯清化。因南方河静屠汉风潮越演越烈，已经波及到北方诸府，安南汉人为求自保，纷纷组织起来反抗安南官府，约请明军相助。仅河静一地，便有两万多汉人聚众结社，乞求明军给予军械帮助。清化府，有汉人庞炳德拉众数千攻陷县城，响应明军。
对于各地汉人反抗力量，赵自强传下命令，各部必须无条件支持援助，若愿意归纳，即加以改编为太平军，不愿归纳者，发给缴获安南军械，使其有自保之力，替明军扫荡剿灭占领区内大小安南反抗组织。而对愿意花钱消灾的安南地方，则效仿山南例处置。
七月初四，第十二镇攻陷清化平湖城，发起清化之战。安南郑氏清化镇守官李化成战死，在明军屠城威逼下，清化统领郑德开城投降，至此，山南、清化两镇首府均为明军占领，升龙府同南方联络被明军切断。此后，水师郑成魁部又入锦罗江，以战船43艘，水兵3000、陆军600及安南汉人反抗军4000余溯江上犯，准备切断安南内陆交通大动脉红河。7月9日，明军发起德庆之战，遭安南郑军顽强抗击，被击毙击伤169人后攻陷德庆。
北路周胜部在得到海阳水寨增援的1000水兵和第十一镇紧急调去的600陆军后，开始向广宁进军。明军将大量舰炮拆下带到岸上，凭借强大的火力一下便突破广宁郑军防线，军心士气大涨，气焰十分嚣张，叫嚣“先下广宁，后下太原，直取升龙！”
广宁境内汉人虽然没有遭到郑军屠戮，但也纷纷起来效仿南方，或组织武装力量反抗安南官府，或投奔明军，或充为向导，或提供钱粮。
郑氏广宁镇守官黎子元为文官出身，经阵便怕，见明军再次来攻，且一下就突破了郑军防线，吓得在镇守府内惶惶不可终日，每日所做便是不断派人到京中活动，试图能够从广宁调离。黎子元无能，统领大将闵文莲在部下的支持下接管了广宁兵马指挥权，针对明军来犯路线，部署东西两路防线，其中西路防线以安子山为依托，最为险峻。
安子山，位于广宁府城以南60里，海拔852米，因地势险要，自古就是兵家必争之地。明军突破郑军防线后，统帅周胜骄狂之下兵分两路直扑广宁。东路直指广宁，西路则绕道先安、海屯方向。28日，明军攻陷先安，安子山便成为守卫广宁的最后屏障。
为阻止明军向广宁推进，闵文莲亲自率兵扼守安子山。他召开军事会议，要求所有郑军北线部队集中攻击明军从先安到安子山一带的运输线，打断明军运输线后，将进攻安子山的明军包围于此。然而，由于东路战场上的连连失利，许多郑军将领产生了畏战情绪，真正主战的只有闵文莲一人，其实际能够指挥的部队也不足五千人，其中还要分兵扼守东路防线。
7月2日，明军率先进攻安子山南的成先关，郑将武应林以不足1000人奋死抵抗，先后两次击退明军进攻。但进攻明军在火部掩护下还是冲过郑军防线，为避免全军覆没，武应林率部突围，成先关陷落。明军攻占成先关后，稍事休整，随即便开始猛攻安子山，而闵文莲在安子山的守军已不足2000人。
5日，明军800水兵、500陆军和2000安南汉兵驱赶700多安南降军在水师参将王国明的带领下向安子山发起试探性攻击。为迷惑明军，闵文莲巧用疑兵计，在山林中布置数千面旗帜，安排众多战鼓、号角，并发动附近百姓前来助战。当地百姓闻讯踊跃报名，瞬时聚集数千之众。
骄横的明军发起冲锋后，即遭到了郑军守关炮兵的猛烈攻击，打得明军无法前进且伤亡惨重。随后，明军再次集中兵力妄图夺取郑军炮兵阵地，但阵地前方的一片开阔空地使得明军无处可藏，明军士兵在郑军的强大火力下，再次遭受重大伤亡。此时，隐藏在周围的战鼓齐擂、号角轰鸣，又见山林中旌旗飞动，人影绰绰，明军指挥官王国明发现势头不妙，只好率队向山下逃去。
闵文莲见势指挥部队乘胜追击，附近百姓也是纷纷助阵涌向明军。明军狼狈地逃回成先关，王国明请求指挥官周胜派大部队增援，但此时驻守先安城的明军主力由于遭到安南义勇袭击，运输线被切断，无兵可派。王国明只得率部龟缩在成先关与郑军相持。
士气大振的闵文莲决定夺回成先关，7日晚，安子山区天降大雨，明军认为郑军不会在这种天气下发动进攻。而闵文莲却亲率300余骑兵和100多象兵突袭明军营垒，将毫无防备的明军打个措手不及。当闵文莲冲入明军指挥帐时，军官们看见突然杀入的郑军大惊失色，闵文莲骑在马上，右手马刀乘势斩下，将一名明军军官斩杀，而此人正是明军安子山指挥王国明。主将战死，余下明军不支，弃关而逃。随后，闵文莲又率部追击，在德家河大破明军，击毙明军数百人，彻底收复了成先关。这是明越开战以来，郑军首次收复失地。
此后，闵文莲依托有利地形，在固守阵地的同时，不断派兵与明军游击周旋，最后迫使明军全部退回先安城。此后，直至战争结束，北线明军也始终未能跨过安子山一步。
闵文莲在郑军一路溃败、军心涣散的情况下，成功指挥了安子山之战，有力遏制了明军的进攻，打击了其嚣张气焰。此战虽未能扭转整体战局，但在南方沿海各路郑军一触即溃的情况下，堪称奇迹。