“石头要过刀，茅草要过火，土人要换种！”是湘西剿匪军中一些中低层军官背着镇部和剿匪衙门擅自搞出来的，原因是他们的部队遭到了负隅顽抗的土司武装袭击，于是在报复心理下，这个耸人听闻的口号被提出，且被付诸实施。
核心区数县，寨寨过兵，家家过刀，村村见血，其惨烈程度不亚第六镇在靖州实行的烧光抢光杀光政策。据统计，永历十三年以后，又有百余土寨被屠，死难土人六万有余。
进剿过程中，以原清军绿营降兵为主的一些旅在执行过程中格外疯狂，而以归附土司武装改编的数旅兵亦充当了屠寨先锋，其凶狠程度让其余部队自愧不如。
在这一疯狂口号引领下，湘西境内未投附土司武装力量遭到灭顶打击，盘踞湘西的土匪大寇也多遭覆没。湘西境内虽仍有残疾余土司武装不肯下山投附，原驻防湘西境内的清军绿营残疾兵亦有多股仍在负隅顽抗，但军帅府及剿匪军上下毫不怀疑湘西匪患将被彻底荡平。
发动百姓、利用百姓、鼓励百姓，予百姓以实惠是湘西剿匪能够取得成功的关键所在。而这个百姓，不分民族，只要愿意接受太平军领导，愿意汉化，那便是大明的百姓，便是太平军予以保护的子民。
周士相将后世解放军在湘西剿匪的经验原封不动的照搬于这个时代，而无论今世还是后世，湘西匪患的本质都是一样，活动模式也是一样，自然不存在水土不合这个问题。事实证明，再狡猾、再奸诈的敌人在群众力量前都是纸老虎，不堪一击。
而当发动群众与大规模屠杀威摄相结合后，困扰中国千年的湘西土患便被彻底终结。
湘西剿匪军中也涌现一大批战斗英雄及英雄部队，由军帅府授旗表勋的就有“五寨英雄卫”、“凤凰攻坚英雄队”、“麻阳尖刀新一旅”等；由湘西剿匪指挥衙门授予英雄称号的有“十五洞特战英雄模范伍”、“米公寨群众工作模范营”、“勇猛顽强方家屯新六旅”等。
而个人荣获军帅府表彰的则有原驴池洞土司廖兰奇，得授“大汉勇士”勋章，获委保靖参将一职；原黄道溪土官万麻得授“大明忠诚卫士”勋章，获委沅州副将一职。
而由湘西剿匪指挥衙门下发的个人勋章则有六十余枚，勋章由金、银两种材料铸成，正面都为“大明”二字，反面则为“荣誉汉人”四字。得授金勋章者，有汉人4人，土官6人，土人14人。得授银质勋章者则有汉人9人，土官12人，土人28人。
周士相本人在二月初七那日，亲自前往麻阳县为一英雄母亲授勋，此举开创太平军为女性授勋首例。
该英雄母亲为苗族妇人挝靓花，在太平军进抵麻阳剿灭土司武装，号召土人下山归汉后，挝靓花带着六个儿子两个女儿越过数十里山路来到麻阳县城。此后更是响应官府号召，送三个儿子参加太平军，在长子、次子战死后，又为身边的三个幼子报名。
麻阳县城遭到附近数支土匪联合进犯时，挝靓花毅然带领两个女儿参与守城，帮助救治伤员。其英雄事迹在麻阳广为传诵，经麻阳驻防新四旅安军使奏报剿匪衙门，并由剿匪总指挥赵四海特报军帅府，周士相亲往麻阳接见挝靓花，除为其授勋表彰外，更为其亲自取汉名范汉杰，其子女均以范姓。除给予荣誉外，更在政治上予以一定地位，物质上给予一定赏赐，以鼓励更多的土人学习范汉杰。
周士相在麻阳对范汉杰等土人妇女说道：“从今往后，你们就是汉家女人，你们的子女也都是汉家儿郎，你们不必再担心受到土司欺压，也不必担心你们的女儿被土司霸占，更不用担心你们的儿子会被土司杀害，因为你们有我，有太平军！”
会后，周士相在麻阳县衙对前来的剿匪军诸将如此说道：“前一阵子剿匪，在湘西20多个县中杀了土司匪首、地方恶霸四千六百余人，剿匪衙门准备在今年由地方再杀一批。本帅以为这个处置是很必要的，也必须坚决予以落实。只有如此，才能使敌焰下降，使民气大伸。如果我们优柔寡断，姑息养奸，不将匪患彻底解决，不能将湘西彻底汉化，则将遗祸汉人，遗祸后世子孙。”
赵四海代表剿匪衙门对下一阶段任务汇报，他道：“核心区、边缘区现在大概还有十几万不肯来附土匪、在乡恶霸与伪清地方官员、散兵游勇、绿林土寇、暗藏祸心的地方士绅等坏分子将近一万，我们经过几次讨论，决定分化瓦解消灭敌人。在这个总方针下作出了再杀五万人的预算。这五万人包括土匪和在乡这批人。”
周士相欣然认可，他道：“这个预算军帅府认可，只有匪患彻底消弥，只有不再有土人，才可以考虑不杀人。不然，还是要杀人。消灭敌人最好的办法就是肉体消灭，不论他们是什么人，只要他们是我们的敌人，那么就应该无情消灭。”
为了更加有效肃清匪患，让湘西汉土百姓知道谁是坏人，谁是好人；谁在侵犯他们的权益，谁又在保护他们的权益。周士相建议各地可以广泛召开公审大公，大会要大张旗鼓举行。公审犯人为罪大恶极的土司、大寇及那些伪清官员。参加大会的人数可从几百到几千或几万，要组织百姓们登台控诉犯人的罪行，然后公开宣判，当着百姓们砍掉这些罪大恶极犯人的脑袋。
经军帅府同意，剿匪衙门部署，驻沅陵的剿匪军新八旅在校场坪广场举行了公审裘五、乌基郎达、郭万夔三人的大会。
裘五，永顺县人，曾在孙可望的驾前军中担任把总、千总，后降清担任清军沅陵守备。太平军攻入湖南后，裘五开城投降，同时积极配合太平军肃清附近清军残余势力。因其表现忠心，被委以千户一职。不想，未过多久，因见太平军对各地士绅大户“劝粮”，裘五担心其家族也会被勒饷催粮，便在伪清官员、吉首知县郭万夔的重金劝说和唆使下率部反水，血洗了沅陵县城，遭成汉土百姓千余人丧命。后被闻讯赶到的太平军赶出沅陵县城，和附近土司乌基郎达合兵一处继续对太平军发动袭击，更制造无人区，致使三千汉土百姓无辜被杀。经剿匪衙门重兵进剿，三大寇遂在永历十三年元月二十一日兵败被俘。
会审之后，裘五、乌基郎达、郭万夔及其党羽手下254人被集体斩首。首级悬于沅陵县城门楼，风吹雨淋三月后方取下。
同时，又在芷江举行有芷江、怀化、黔阳、晃县等六县代表参加的公审李永全的大会。
李永全年轻时即为匪，后被明朝湘西官府招安，先后任过千总、参将。其所部明军被清军击溃后，李永全逃回老家继续为匪，横行乡里，并以发展帮会组织手段扩充势力，成为“复兴大唐宫’的双龙头。永历十二年三月十八日，其参与“血洗黔城”事件，不久向清军投降，得授沅州副将一职。同年六月，清五省经略洪承畴来到芷江，对李永全赞赏有加，给其发银三千两。太平军入湘后，李永全一心替满清卖命，数次率部袭击太平军。去年十二月底，驻芷江太平军三个旅对李部发起围剿，李部很快被击溃，但李永全本人得以逃脱。他到处藏匿，最终化妆成新娘乘坐花轿出逃时被抓获成为俘虏，公审当日连同手下心腹18人被公开处决。
因受李永全祸害百姓请求，对李永全本人采取裂尸刑。即以大马数匹拉断其尸，后任由百姓取尸相食，以泄痛愤。
根据军帅府意见，湘西剿匪军指挥衙门又在各处开办军官训练班。参训学员一半是太平军入湘初期因不敌而降的清军军官，另一半则是进剿过程中被迫投降的一些土司和土官。
这些训练班，一不设铁丝网，也不设警戒，有家眷在的人每隔七天还可回家团聚。太平军对于这些投降的清军和土官给予了最大信任，然而事实却是训练班中的不少人表面接受训练，暗地却与反动土官和地方士绅联络，一心筹划迎接清军。尤其是当这些训练班成员知道满清平郡王罗可铎领大军正在攻打太平军后，这些人的活动更加密集。在反复权衡之后，周士相下达镇压命令。
在大帅特令下，湘西六处训练班中356名伪清军官及土官均被坑杀。
高级军官和土司土官不稳定，底层喽罗同样不安定。和举办高级军官训练班一样，太平军于一些地方也成立了低层训练班。成员多是普通清兵和土匪，对这些老兵油子和经年土匪，在思想工作进展不顺的前提下，经剿匪衙门报请军帅府，决定予以处决。
各地接令后立即动手，先选择一个山谷地方，预先布置好刑场，山谷两端设置警戒，随即将要处决的匪兵，以转场名义重兵押送过来后，立即分批处决。
类似这等处决，剿匪衙门有文报如此写道：“有的地方有成批杀的现象，如芷江、辰溪、沅陵几地中曾一天杀过三五十人的。有的地方，在驻军奉令移防时，仓促行事，以致有的土匪就被杀在官道上不得掩埋”。
针对反动伪清军官、土司土官及底层贼性不改的喽罗土匪的大规模处决只进行了不到一个月时间，因战事紧张，军帅府下令剿匪衙门将身体健康的，罪恶不大的免去死刑，改为输送各部队充为夫子使用。这些人是被真正当作夫子，而不是被充作辅兵使用，人数大概在万人左右。他们虽身着红色衣服，但并非军服，所任的也都是极其辛苦的活计。这帮匪兵在随后太平军与云贵清军的大规模交战中，不少人死在阵中。有的人表现很勇敢，有的人则表现很不堪。
各地大规模处决土匪人员时，太平军中不是没有过不同意见，尤其是湘西剿匪军中争论颇多，认为有些土匪可能是冤枉的，也有的一些是被逼上梁山，本质不坏，应当给他们一个改过机会。有的则说土司和土官是两千年来湘西等地特有现象，他们对于族人的欺压并不损害官府利益，所以对他们不当一昧剿灭杀戮，而当予以怀温柔手段。有的身处大山之中，强迫他们出来改汉名，学汉语，穿汉衣，受汉令有些苛刻。
湘西剿匪指挥衙门及军帅府内的一些不同声音传到了周士相耳中，他没有就此发表什么训话和看法，而是手书六个书送到了湘西剿匪指挥衙门。
这六个字——“宁杀错，不放过。”
“湘西成功的经验以后要向天下推广，尤其关外等族，更要依此例办。有意见者可以保留，但必须执行。不执行者，同贼论。”