土司们没想到太平军没有忙于应对即将来攻的大清兵，而是来挖他们墙根了。
新的榜文贴出来了，在这新的榜文上，太平军列数不肯归附土司罪状，说他们不事生产，专以奴役族人作威享福，动辄杀人害命，实为一群土匪、祸国殃民之辈。太平军视各地百姓，不论土汉皆为大明子民，实不忍见大明子民被土司欺压，因此号召土人下山就近投附太平军控制城镇。
太平军将确保来附土人生命及财产安全，若有怨苦之事，太平军将为其做主，对罪大恶极土司将重兵进剿。凡来附土人一律造册授户，给予新汉人待遇，官府为其提供田产、房屋，三年免纳钱粮赋税，青壮三丁抽一投军，享太平军辅兵待遇。
另太平军保证来附土人子弟和汉人子弟一样有书读，有学上，有工做，绝不容汉人大户欺压仇视土人。总之，来附土人，官府秉公处事，一视同仁。对语言不通者，官府遣通事专门予以沟通，拨专款建学校，请儒生授课。课业优秀子弟，或得钱，或得粮。
又告知各土人，凡提供土司藏身处，寨子据点者，可给予厚赏。若有擒杀土司及土兵者，按级赏银。对汉人家有土匪或投身清军者，则鼓励家人劝返，只要放下武器回归，同样给予田地。若杀官来返，则给厚赏。对匪首，自动来归者，视情择一而定，或为良民，给予性命安全保证；或视其部兵丁，给予官职任用。
对被土司抓去汉人，有线索者太平军立即派兵进剿救人。潜逃回归者，则予以妥善安排，并发兵进剿该部土司。
十月底，周士相在常德会见夔东兵特使商议太平军和夔东兵联合经营两湖，防堵云贵清军事项时，特意于百忙之中制定了湘西靖寇策。
此策，将不肯归附土司及土人一律视为土匪，与清军绿营残兵、山林土匪同等论。此策，一改从前明朝政策，不再承认宣慰司和宣抚司这两个特定官府机构，换言之，太平军不再承认从前大明给予土司的一切官面待遇。只要对方不肯率族人来归，便统一视为十恶不赦的土匪，一律加以剿灭。在最终扫平这些由土司和清军散兵、土匪结合的反明军力量后，周士相意在湘西推行改土归流，重新规划行政区域，日后在其他地方推行。同时由军帅府行文各处官府，日后不再称土人（各少族），对来投者称新汉民，数年之后不再以新旧区别，统一视为汉人。未投者称匪，不再以土官相称。
周士相又命各官府务将靖寇当作当前官府的首要任务，要组织民众支援配合太平军在各地平寇。同时要加以统计辖境可耕种土地田亩数，对占地过多地主大户要予以“夺田”或换田，对无主田地更要明册，以确保来投土人有地安置，有屋居住。
因暂时无法在两湖境内进行推乡建村建设，周士相只能以强力威迫降官进行最大程度动员，对于不合作的汉人士绅亦应强力镇压。让周士相始料未及的是，他原以为这些强力政策会被降官们刻意淡化，又或拖后腿，不曾想，降官们竟然表现出了前所未有的动力，提前完成了军帅府下发的各项指命。
事后，周士相了解到，降官们之所以如此卖力替太平军干活，一方面是刚刚归降反正，需要表现出一定的忠诚；另一方面则是能够从中大发其财。
灭门县令、破家知府。
在太平军的强力撑腰下，所占区出现大规模的地主士绅破产逃亡潮。而他们的田产和财货有不少流到了降官之手。
任何一项政策都有利有弊，上位者决定的只是利多还是弊多。太平军在目前及将来很长一段时间内，首要敌人仍是满清朝廷及其无数走狗爪牙，反贪污并不是当务之急，只要这些降官所做所为能够满足军事需求，周士相就对此睁一只眼闭一只眼。当然，他也命拿了几个激起民愤之辈的人头以泄百姓怒火，其余仍就命其任事。
与对降官宽容不同，周士相严禁军队参与地方事务，对有军官和降官勾结之事，发现一起处决一起。雷厉风行，绝不容任何人循私枉法，也不容任何人为之求情，哪怕之前战功赫赫，但触此雷线，定斩不饶。
各镇安军使的职责和权力进一步被放大，周士相计划稍后将成立类似宪兵部队的军纪执法队伍，以确保太平军从上至下不会腐化，不会堕落。
同时，周士相急令广东宋襄公，命其整肃广东吏治。同时加快太平军的军政人员培养，以便局面稍定之后能够立时有忠于太平军的新式政务人才接手新占领区的民务事。而之前所用降官，无才无德者则尽数去实职，委虚职。有才无德者视情用之，有才有德者则重用。
鉴于湘西多山多水，土匪又素来刁顽狡诈，对地形熟悉，一遇到太平军强大打击就化整为零，钻山进洞，分散逃逸。湘西汉民、土人久受土匪欺压，一些汉民、土人心存余悸，怕土匪事后清算，不敢相助太平军，使得湘西剿匪战果一时难以迅速扩大。
周士相特令从第二镇抽一旅、第九镇抽两旅，第六镇抽一旅，又清军降兵编两旅，新附由土官武装改编新汉兵一万两千人合编太平军湘西剿匪军，共计六镇4万人左右。
剿匪军成立之后，周士相又成立湘西剿匪指挥衙门，以军部官赵四海为剿匪经略官，以第二镇副将、蒙古人苏日勒为副经略。剿匪衙门统一指挥六镇剿匪军，偏沅巡抚郭廓宇负责剿匪军后勤供给、土人来附安置事。
根据周士相的意见，赵四海赶到驻地设于保靖南谓州的剿匪衙门后，及时总结各部先期剿匪经验，结合大帅所拟剿匪策略，把大庸、永顺、卢溪、凤凰、辰溪等16个州县划为中心区，龙山、桑植等八县划为边缘区，先集中力量进剿中心区土匪。
剿匪衙门同时广泛组织汉土民夫青壮8万余人，为部队带路、送信、送粮，配合搜山。在军事进剿的同时，展开政治攻势，向匪兵家属解释太平军政策，动员他们劝亲人下山交出武器自首，主动报告匪情。在此过程中，个别地区出现极端事例，拿匪兵家人要挟，若不来归，则杀家人，致使数百匪兵家人无辜被杀。
政治攻势最重要的一点是对来附土兵，即新汉人的团结和重用，其中曾于明朝有功的土兵得到了太平军的重视，为其提供钱粮、衣甲兵器进剿。
上到土官土司阶层分化，下到土人奴隶的分化，制定分区责任制，在太平军的军事和政治双重打击之下，很快，中心区进剿奏效。
10月至12月，太平军攻克永顺五连洞，生擒匪首土司麻海；在保靖野竹坪消灭清南谓都司罗国龙所率土匪三千余；围歼盘踞芷江东北角的土司彭大麻子匪部四千余；合歼沅陵凤鸣山一带2000多名土匪，擒获匪首龙岭。除这些大匪外，又歼小匪十数部，斩级数千。至十二月底，太平军共计斩杀土匪两万四千余人，解救汉人男丁六千余、妇人两万余。强制迁移土人三万七千余，杀土人四万余，主动来附土人七万有余。
剿匪衙门统计，自湘西靖寇以来，共焚毁土寨125处，房屋数以万间计。斩土官36人，绿营将领9人，潜逃清官25人。至十二月底，剿匪过程中，太平军阵亡3900余人，新汉兵5000余。另有千户以下将领18人阵亡，土官4人。
军帅府及各镇将领对于大帅调拨如此多的兵马用于剿灭土司武装颇是不解，若将六镇兵用于贵州或湖南、湖北其余地方，短时间内定能继续扩大战果，甚至有望夺取两湖地盘。