从三江口回到广州后，周士相立即着手进行整军，首先便是令各部统计兵马，计有兵21500人，青壮民夫14000人。其中降兵人数为10600人，后备兵连同辎重营兵5500人，原属太平军步军左右二营、新兵营战兵为5000人左右。
在回广州的路上，周士相已经想好如何整军扩军，他意将太平军设立为四镇，从各部中挑选精兵编入第一、第二镇，剩余编为第三镇，余下则为第四镇。
一镇编制具体为:20兵为一伍，设伍正一名、衔小旗；3伍为一队，设队正一名、衔总旗官；一队所辖3伍分别以甲乙丙命名，队正又设直属兵十员，掌扈卫、旗鼓号令事，另设伙兵5员，故一队兵额为75人；3队为一卫，设卫尉一名，衔百户，卫下所辖队以甲乙丙名之，卫正又有直属兵20员，称之为卫兵，掌扈卫、旗鼓号令事，故一卫兵额245人.
3卫为一营，设营尉一名，衔千户。营下所辖卫以甲乙丙名之，营尉下设直属兵40员，称营兵，掌扈卫、旗鼓号令事，故一营兵额775人；3营为一旅，设旅校一名，衔指挥同知；营以甲乙丙名之，旅尉下设直属兵100员，称旅兵，掌扈卫、旗鼓事；故一营兵额2425人。
3旅为一镇，设镇将一名，衔为指挥使。镇下辖旅以甲乙丙名之，镇将下设直属兵300员，又称镇兵，掌扈卫、旗鼓号令事；故一镇兵7575人。
此次改编大体亦同香山成军时制，不过旅帅、师帅改为旅校、镇将，营官称营尉，卫官称卫尉。每队设队副2名，为小旗衔，其中一人为安军小使；每卫设副卫尉2名，为试百户衔，其中一人为安军中使；每营设副营尉2名，为百户衔，其中一人为安军大使；每旅设副校2名，为千户衔，其中一人为安军使；镇将下设副将2名，指挥同知衔，安军使由镇将亲领。
镇将暂拟等同总兵官，旅校等同参将，营尉等同游击，卫尉等同千总，队正等同把总。正式任命待报请永历朝廷后方能落实，周士相眼下只能以自己广州总兵官名义权知任事。
老卒善战者，称锐兵；新入军者，称选兵；又有在乡待选者（保安队），称备兵。太平军制，以锐兵、选兵为正兵，其额有缺者，以备兵补之，备兵入营，则为选兵。
步军四镇之外再设马兵一旅，称骑兵旅，其旅建制等同步军一镇。官兵名额亦同，一旅兵为2425人；旅校不设直属兵，兵员亦有锐兵、选兵之分。
再设炮兵一营，营制等同步军一镇，官兵名额5000人，兵分正炮手、副炮手、辅炮手，等同锐兵、选兵、备兵。正炮手操炮，副炮手架炮，辅炮手运炮。
四镇步军、马军一旅编成后，即由第一镇进驻清远，第二镇驻广州，第三镇驻增城，第四镇驻香山，马军一旅和炮营都驻广州。于城外越秀山下设广州大营。
镇将人选别分是第一镇葛义，第二镇铁毅，第三镇蒋和，第四镇邵九公。骑兵旅由邵成国掌总，满州人苏纳掌副。炮营镇将齐豪担任。
第一镇和第二镇从太平军和降兵中挑选精锐组成，也是太平军四镇最能打的两镇，对这两镇的要求，周士相只有一个，战斗力绝对不能低，因为要随时拉出去和清军见仗。因此这两镇的镇将人选他选了葛义和铁毅，此二人皆是勇猛之人，适合冲锋陷阵。秃子蒋和也是勇将，可匪气比葛义还要重，且爱喝酒，周士相怕他喝酒误事，因此只将第三镇给他。邵九公忠诚足够，却无勇猛之风，做事顾头顾尾，不敢豁下心去拼，属持重型，因此周士相将第四镇给他。
第一、第二镇是今后和清军作战的主要力量，第三、第四镇则是稳定后方，如此镇将人选自然有所区别。炮镇为攻击力量，战时随同第一镇、第二镇活动。周士相拟日后炮兵规模扩大后，即在每镇军下设炮旅，以加强步军镇的火力攻击。
靖南藩下汉军和平南藩下汉军一半都选入第一镇，镇将以下军官任命是相互挟制，如平南藩下降将任靖南藩下降兵的队正、卫尉，同样靖南藩下降将任平南藩下降兵的队正、卫尉。原先两藩麾下将领协领以上军官全部被发落到兵备讲习所充教官，或是改为文官，只低级武官得以任职。这两镇军官的任命营尉以上军官多是太平军出身，营尉以下降将占了一半多。
原先在香山永乐乡的水营也调至广州，在珠江原清军水师驻地长洲岛设太平军水营，此地即几百年后黄埔军校所在地。
水营兵额暂定为5000人，不过因水营缺少战船，短时间无法承担作战任务，故周士相请凌海将军陈奇策调遣所部水师战船一部移至长洲岛，确保珠江为明军所有。同时为陈奇策这部水师提供粮草供应，并遣人向他们学习水师战法。
已和朱统占有肇庆的陈奇策爽快答应周士相请求，派偏将郑成魁领40余艘战船进驻长洲岛，并送给太平军12艘战船。此举让周士相大喜过望，12艘战船虽然很少，但却意味着水营不再是内河水师，而是能够在珠江上甚至狮子洋上行动的“海军”了。
水营镇将由周士相亲领，他给宋襄公压了任务，让他无论如何也在一年以内建好太平军的造船厂，最迟两年内太平军必须能够有自己造出的战船下水。强大的郑氏水师一直是周士相所眼红，所妒忌的对象，奈何水师太吃银子，也太耗精力和时间，且眼下还不是决定战场的力量，故周士相只能先行发展步军，待取得南方数省或江南全部以后，方再着手进行“海军”组建。
周士相于广州平南王府成立军帅府，设亲兵，选全军身高1米七以上锐兵充任，选800，制铁甲，号铁人卫。铁人卫指挥由瞎子李担任，职同参将衔。
军帅府设军、民两部，军部由赵四海负责，民部由宋襄公负责，同时宋襄公亦兼广东布政使，当然，这个任命没有得到永历朝廷的背书，乃是周士相自行所为。按制，他无法自行任命官员，况一省布政使。再者，钦州有总督衙门，高州又有四府巡抚，无论怎么排，也轮不到周士相把控广东布政使司衙门。
鉴于太平军识字率太低，短时间又不可能组织全军来一次“扫盲”运动，因此在邵九公等人的建议下，周士相于原靖南将军府建兵备讲习所，各镇伍长以上军官要轮批分批入堂教学，学制三月，主学由他仿前世军队操典改编而成的《太平军步军操典》，该操典只涉及初步军队整训、操练、旗号鼓事等。
四镇一旅两营编制定下后，即由军帅府主持调兵成建事。一时间，广州附近到处是兵马调动，往东的往东，往西的往西，闹哄哄，直用了七八天时间才将各部集结到位，上下军官也落实明确。此期间，周士相很少睡觉，瞪着红眼听取各部汇报，唯恐调动期间有降兵作乱。
军队编制落实后，周士相又定军饷。锐兵定军饷月银1银，家眷由太平军公库供养；选兵不定月银，家眷由太平军公库供养；备兵无饷银可领，不过其训练期间武器装备由太平军拨给，训练期间家中农田也由各村公所组织人手帮助耕种，以减轻其家庭负担。
军官饷银伍正2两一月，年24两，队正以上者依次提百分之二十。作战有功者，无论官兵可另获赏赐，或银，或粮，或物，或土地。
各镇成立后，周士相即叫宋襄公大开公库犒赏三军将士，并且主持实际控制区内的土地整并。
广州城中的汉军家眷被分成三批安置，一批拨入前山寨，一批拨入仁厚乡，一批安置在番禺。这些汉军家眷在当地安置后，由当地划拨土地供他们耕种，同太平军老营一样，也是分别设村管治。太平军只提供他们初期生活所需和农具、种子，一切需自食其力，待其男人在军中服役满三年后才可享受太平军家眷的待遇。
4000多满州妇人也被从广州城中赶出安置在香山，由当地乡、村公所为他们择配夫家，同汉军家眷一样自食其力。这些满州妇人在广州时没有得到城内百姓的太平军将士的青睐，送到乡下后却成了抢手货，不到一个月就被当地男子分抢一空。
宋襄公任广东布政使，降官王章钧布政使司右参政，左清为左参政。广州知府由廖瑞祥接任，他的香山知县则给了尚未回来的龙眼乡盐课大使郭绍。从台山回来的徐应元则在军帅府得了个参议位置。
广东布政使司衙门现在只有一件大事办，那就是落实太平军实际控制区域内的乡、村公所组建，将所有的人力和资源都有效整合起来。各驻地的太平军除了抓紧操练外，也有一件事要办，那就是剿匪。