此战，南赣总兵孔国治、平南藩下汉军都统班志富被杀，英德总兵宋锐被俘，南雄副将孙义受伤被擒，与他们一同被擒的绿营将校有40余人，营兵4000余，民夫3000余。尚之信手下的那些藩下汉军在明军水师登陆时只象征性的作了抵抗便向水师投降，人数在1500人左右。
邵九公领人清扫战场，受伤的不问是太平军还是清军都被一一抬出来救治，当然这个救治也只能是对于轻伤者，断胳膊断腿的重伤者却是没法救的。
周士相早期在太平军设的医营因条件受制并没有在香山成军时扩大，且神湾之战时医营留在了香山城，所以眼下军中并没有多少懂医术的郎中，有的也只是那些粗通包扎的士兵。受伤的士兵能否活命，完全看他们个人造化。
邵九公发现那些新加入太平军的降兵在没人注意的时候，都会偷偷往那些清兵尸体中摸索一番，然后将得来的金银珠宝放入自己怀中，而不是上交出来。他将此事汇报给了周士相，周士相没有立即下令进行战场军纪整顿，而是决定对此事暂时不予过问，不过他决意回广州后要立即整军，因为现在的太平军实在太危险了。
广州城中俘虏的汉军和营兵有1000多人，靖南藩下投来的汉军有2000多人，今日一战又得四五千，加上平南藩下的两三千汉军，胡启立手下的两千余兵，这些便有一万多人。而太平军攻入广州的不过才五千多人，这当中又有近一半是年后新降的汉军和营兵。因此可以说现在的太平军已经彻底演变成一支以降兵为主的军队。
一支反清的军队却变成以清军为主，这无疑是个危险的信号。
在周士相眼中，降兵的忠诚度近乎为零，之所以甘愿替太平军卖命，不过是因为家小被制，太平军势大的缘故。倘若今日之战不能打胜，又或是稍有小挫，周士相相信，这些降兵就会动摇。
若非要论这些降兵忠诚度的话，周士相认为苏纳的满州兵无疑最高，其次是有家眷被捏的汉军，再其次才是绿营兵。而三者却是忠诚度最低的绿营兵占了多数。
对自己有多少钱，周士相没有统计过，但却细心统计过他现在有多少兵。
香山的辎重营和炮营有4000多人，后备兵营也有3000多人，加上广州铁毅手中那千余兵，还有新征的两营青壮，这里就有近15000人。
周士相从广州带来的5600兵，胡启立手下有2000多人，今日俘虏的汉军和营兵合在一起不会低于5000人，再加上没有放归的那些给三路清军运输粮草的民夫，三江口这里就有近20000人。
三万五千人，是周士相得出的最保守数字，这还不包括那些打着太平军旗号在乡间行土匪事的绿营降兵，也不包括王兆兴、赵自强、胡明义等还算成建制的绿营兵。
从大樵山的几十条汉子变成现在的几万人，用时不到两年，这两年间太平军从来没有真正的进行过整编和集训，立营头也好，成军也好，不过只是简单的把老兵升官，然后一级级的扩大开。
政治思想工作方面，周士相仅仅是安置了一些安军使，并在军中进行了“岭南三忠”事迹的宣传，除此并没有其他动作。这是受限于没有一个稳定的环境供太平军进行整训。
不论是同后世军队比，还是同这个时代的军队相比，太平军的所有规章制度都极其草率，一切只不过是为了适应马上要进行的战斗而矣。
这是一支不断在战斗，不断在死人，然后不断扩大的军队。这是一支建立在不断胜利基础上的军队，人心的凝取力只在早期一部分人员身上可以体现，随着雪球的越滚越大，核心圈却变得越来越小，数万人依附在这个雪球上，却不能真正成为一支可以信任，可以放手大用，却偏偏就这么壮大起来的力量。
这力量大到主帅心里都恐慌，都忌惮，这就是太平军的现状。
夺取广州，解决了三江口清军，周士相接下来面临的不单单是对广州附近府县的征伐，而是要如何将这几万人真正打造成为一支绝对可以信得过的力量。
所以整军势在必行，连同民夫在内所有人都不能放归，都要将他们纳入太平军，一方面忌惮，一方面又要利用，这不是周士相的矛盾心理，而是现实所逼。
时间，是太平军最大的敌人。如果历史不出偏差，现在的孙可望恐怕已经在败亡前夕，一旦孙、李内讧得出结果，清廷屯在湖南和四川的大军肯定会立即南下入滇，那么这便意味着周士相最多只有两三个月时间在广东完成他的力量初步整合。
扩大地盘和整军凝聚力量相比，肯定是微不足道的，有人才有地盘，有力量才有未来，所以周士相宁可将惠州给胡启立，将肇庆给陈奇策，将韶州给唐三水，目的便是将时间和精力都集中在整军上。
现在的太平军绝对不再是一支在小范围地域活动的反清力量，也不再是一支依靠一伙头目就能调运应手的力量，也不再是一支靠躲在哪个角落不时出来骚扰的力量，而是要变成一支控扼一省之地的力量。
整军的目的不仅仅是扩大力量，给手下的人大规模升官，而是要消化这些降兵，凝聚这些降兵，使太平军能够有一支机动力量，随时可以进行一场大规模战役的机动力量。
太平军必须要有发动一次战役的力量，也必须是一支可以远程长途机动的力量，这就必须要做上下等级森严，兵必须听将，将必须听帅，同时更是要军纪严明，令出如山。
官兵一体，爱兵如子，周士相自认做不到，至少在现在他做不到。没有多少时间可供周士相着手整军，他只能以最有效最快速的办法来整合太平军，而清军无疑就是他能借鉴的最好对象——用不同时间段加入太平军的人员去压制下一批加入人员，正如满八旗压制蒙、汉八旗，蒙、汉八旗压绿营一样。