根据周士相和宋襄公事先商定并集合现有武器装备，太平军自即日起整编为步军左营、步军右营，亲兵营、炮营、辎重六营，另编水营一部、骑营一部，同时成立军帅府并增设预备兵营。
步军左、右营由原陷阵营、雄威营、震虏三营合并而成，不足兵员由近卫、虎捷抽调。
整编后的步军左、右营各3000人，其中步军左营武器标配为刀1000把、矛2000杆，弓160张、弩30具，另有铁甲150具，棉甲1200幅、盾900面。
步军右营为半火器兵，武器标配为铳1200杆、刀500把、矛1200杆，斧120把，另铁甲60具、棉甲600幅、盾300面。
亲兵营由原近卫营改编，全营兵力1000人，武器标配为刀200把、矛800杆；
炮营全营兵力1000人，设有大小铜炮116门，铳炮130杆、虎尊小炮40门，另有炮车150辆、双轮推车100辆，拉炮用驽马、驴、骡合计400头。
辎重营由近卫、虎捷二营剩余兵力并抽调原后营保安团丁组成，兵员配制为1500人，武器以刀、矛为主。太平军原先拥有可拉车的牲畜除调拨炮营外全部集中于辎重营，供运输使用。
水营以新招香山渔民及原降兵中的潮州兵组成，暂定800人，因水营为新组建，故还没有战船配署。
为解决水营有名无实的尴尬，周士相让廖瑞祥尽量从渔民手中收购渔船，将其改建为可在内河驶行的小型战船，供水营先行训练起来。另外还要重金聘期工匠到香山为水营打造能在珠江、谭江上面航行的战船，最好还能在海上航行。
这个要求显然有些不切实际，公库的资金也不足以承担打造水师的要求，因此周士相便只能耐下性子缓步发展。抱着试一试的心态，他派人到新会向陈奇策购船，还让人到沿海地区要渔民带话给洋上海盗，若他们愿归顺太平军，周士相将予以重用。
骑营由邵成国的骑兵队扩充，因战马、骑手不足，短期内无法进行大规模扩充，故暂定兵员300人，实际有战马52匹，驽马80匹。
整编后，太平军建制兵员10600人。
步军左、右两营营兵力配制为10人一伍，50人一队，300人一卫，600人一旅，全营为一师（营）。
一伍设伍长一名，小旗衔、副伍长一名，军士衔；一队设队正一名，总旗衔、副队正两名，小旗衔；一卫设卫长一名，百户衔、副卫长两名，试百户衔；一旅设旅帅一名，千户衔、副旅帅两名，总旗衔；一师设师帅（营官）一名，卫指挥使衔、副师帅两名，指挥同知衔。
同时于各队设安军小使一名，小旗衔；各卫设安军中使一名，总旗衔；各旅设安军大使一名，百户衔；各师设安军使一名，千户衔。
亲兵营和辎重营、炮营参照步军左、右营定制编员，水营和骑营因规模不及以上诸营，暂以一旅定制，对外则称全营。
各营营官人选分别为：
步军左营营官葛义，副营官姜樊、宋二牛；
步军右营营官铁毅，副营官郑铁柱、王有喜；
亲兵营营官邵九公，副营官管天水、朱庆来；
炮营营官齐豪，副营官牛根生、江四海；
辎重营营官赵四海，副营官陆武、崔豹；
水营营官唐正兵，副营官郑庆、钱来；
骑营营官邵成国，副营官王化、鲍德。
以上诸营成立后，各营即挑选所属士兵入营整训，剩余人员则编入预备兵营，同时各乡保安队战时也归预备兵营提调，用以补充作为野战军种的其它各营。自成军之日起，有来投太平军的也全部集中到预备兵营进行训练，训练合格后方可获得补充至野战军的资格。
预备兵营营官暂以受伤的蒋和担任，待其伤愈后再行择将。预备兵营主官职衔等同战兵各营，以下则各降一等。
同时成立太平军军帅府，各营归军帅府直接指挥，军帅自然由周士相担任，副军帅则由向来稳重的秦智生担任。
宋襄公则担任军帅府总幕僚一职，负责军帅府日常运作，公文军令军纪制定、粮草物资分发等，同时协调地方事务，战时与预备兵营营官一同补充兵员至前线。
各营驻地也要进行变动，原先驻各乡太平军太过分散，不利力量集中，也不利应付突发战事需要。故重新整编后，步军左营进驻增城一线的银瓶嘴山，步军右营和炮营则全部进驻良字都。亲兵营和骑营驻香山县城，辎重营驻龙眼都，水营驻永乐乡。以上诸营为野战军种，不事生产，而预备兵营则在训练同时要进行生产，故又名生产建设兵团，驻地为前山寨。
新的军制和官制都是周士相结合卫所军制和后世军制自创的新军制，当中肯定有不合理之处，但时间不等人，周士相也只能先如此安排了。不过为了满足部下们升官发财的愿望，周士相在太平军内部实行自己那一套军制，对外则是按普通明军建制进行封官。
秦智生和蒋和被授予副将衔，葛义、邵九公、赵四海、齐豪，铁毅被授予参将衔，其他副营官、旅长等都被授予游击、都司、守备等官职，一时间，太平军之内大人称呼不绝于耳，当然，这些大人们全是记名的，还没有永历朝廷正式授予的官凭和官印。
为了解决这个问题，周士相头一次以记名潮州总兵的身份向昆明的永历朝廷发去奏章，奏章是宋襄公一个字一个字写下来的，字里行间反复推敲又推敲，做到没什么犯讳这才送到新会，请陈奇策派人送到雷州的总督衙门，再由两广总督连城壁代为上呈朝廷。
奏章中，周士相向永历帝表明了自己身为明臣，坚决抗清的忠心态度，并详细记录了太平军自罗定立营后的大小战事，及为朝廷夺取新会、香山的经过。周士相请求朝廷能给予自己合适的身份，毕竟他麾下已有上万人马，单一记名总兵的身份无法让地方士绅信服，也无法让自己的部下安心，所以为了广东抗清的大局，也为了安定人心，天子最好能给自己一个实授的总兵封号，并且给予自己的部下实授官缺。
这份奏章是摆明了跟永历朝廷要官的，这不是一个臣子应有的态度，宋襄公劝周士相不要这样写，只说说功劳就行，永历朝廷里那帮大臣们不是傻子，会知道接下来怎么办。
可周士相偏不同意，非要这么写，他的理由是太平军是自己一手拉起来的，新会也是自己夺下守住再交给陈奇策的，更别说自己还重创了清军，如今太平军在香山，朝廷一文铜板也没拨过，一粒粮食也没给过，他周士相却偏偏替朝廷收复了香山，牵制了广东清军，并且正在部署收复广州。收复广州肯定是虚张声势，夸大其词，不过周士相爱怎么写就怎么写，永历帝总不会因为他虚张声势就抹杀他的功劳吧，也不能不给他回应吧！
周士相并非是真的要官，只是不想让部下们失望而矣。他任命得再好听，也都是些记名，而能去掉这个“记名”的只有永历朝廷，否则除了他扯旗自己干就一点办法也没有。毕竟有正统的大明皇帝给自己授官，一众土匪、贫民、降兵出身的太平军官们会觉得身价倍增，这个官也是有名有实，能光耀祖上门楣的。最重要的是有了永历朝廷正式的任命，这些人对于永历政权才能有最切实的认知，对于南明的忠诚才会慢慢建立。
周士相不会昏了头学孙可望，所以他要宋襄公写了这封要官的奏章，至于永历帝怎么想就是他的事了。雷州的连城壁又是如何看待他这份奏章，周士相也不在乎，甚至这份奏章是不是能送到昆明他也不在乎。他实际就是表明一个态度，而这个态度本质上是让连城壁瞧的——你到底给不给我实授？
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新的编制和各将主官任命后，太平军上下就迅速忙碌起来，连带着各乡公所也跟着忙，毕竟军队移防的事情要牵涉到他们。所有人都在忙，周士相也没闲着，他要挑选自己的亲兵。
亲兵营的营官是邵九公，但亲兵营同样也是归军帅府直接指挥的力量，所以周士相决定自己挑兵，他让宋襄公把风放了出去，结果回去的各营主官很快就将手下的精壮新兵送到了仁厚坊，足有2000多人。
最终周士相从这2000多人中选了600人出来，这样加上原先近卫营的400人，正好凑齐1000人。那600个新兵听说自己被抽中调入总兵大人的亲兵营后，兴奋的不得了。
什么是亲兵营，那不就是总兵大人的家丁嘛！想到以后能享受将领亲信家丁的待遇，这六百人想想也高兴。另外一千多人虽然没有被选中但也没有失望，因为成为总兵亲兵家丁固然是好，但丧命的风险也大，打起仗来这些人可是要冲在前头的。
经个大半个月的重组，新建的太平军诸营方才稍稍定当下来，军帅府制定的新训练大纲也派发了下去，各项规章制度也在不断的出台。随着一道道军令发出，太平军也越来越像个军队的样子。
宋襄公跟廖瑞祥要了10多个秀才进入军帅府，以协助他这总幕僚处理公务。因为军中大半将领都不怎么识字，请示周士相后，军帅府行文各营的安军使，让他们在本职安军工作之余，也要担任主将的参谋一职。这个参谋不是帮助参谋军情，而是帮着看公文写公文。
廖瑞祥的衙门差事干得不错，花了近两个月时间，他在香山境内共设置了12处驿站，并全部交接给太平军。驿站对于军情和公文传递有着十分重要的作用，因此周士相又让宋襄公将这些驿站管起来，将其中几处位于交通要道的驿站升级为兵站，负责补给物资、接收伤病员、招待过往军队等。兵站由军帅府直接从公库拨银，免得廖瑞祥老来诉苦说县衙没钱，周士相对他盘剥太狠。
刚进入三月，张安传来重要情报，由满州正蓝旗固山额真噶来道噶统率的南下八旗兵已经到达广州。
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