湖南战场明军主力和入湘屯齐部满汉清军对峙期间，孙可望另派兵马攻入四川南部，意图占领全川，与此同时清廷也派平西王吴三桂、定西将军固山额真李国翰带领所部兵马由陕西汉中入川。吴三桂、李国翰率部到达四川临时省会保宁后休整数日即南下，很快推进到成都，奉孙可望之命守卫成都的明总兵林时泰面对远道而来的清军却不战而降，导致清军未损一兵一卒占领成都。
林时泰早年参加张献忠领导的大西军，张献忠战死后，林时泰自感大西军已无前途，便向清英亲王阿济格投降，阿济格委他为保宁总兵官。数年后，林时泰听闻大西军余部在孙可望、李定国的领导下联明抗清，遂在潼川反清归明，孙可望念在昔日情份上令他率本部兵驻守成都。
林时泰再次降清后，吴三桂认为此人反复无常、当年其归明时清廷又下过明旨要缉捕于他，故而下令将林时泰斩首示众，其亲信部众1650人尽被坑杀。
清军占领成都以后，吴三桂坐镇该城，由李国翰统兵于收取眉州，嘉定，活捉原云南临安府石屏州宣慰司土官，现为大明总兵官的龙名扬。其后吴三桂、李国翰又调集梅勒章京葛朝忠、白含真、佟师圣、夔州总兵卢光祖、左路总兵陈德、永宁总兵柏永馥等往攻重庆，初五日占领合州，分水陆二路进逼重庆。
重庆明军守将卢名臣因兵力单薄，无法抵御来势汹汹的数路清军，遂于十四日放弃重庆。四月下旬，吴三桂派遣另一支由甲喇章京杨正泰、郭云龙、右路总兵南一魁、叙州总兵马化豹带领的清军进攻叙州，明守将王复臣、白文选自知不敌，主动撤退到永宁。至此，清军除了原先控制的保宁地区外，相继夺得成都、重庆、叙州、马湖、邛州、雅州、嘉定、眉州等府县，大半个四川尽入清军之手，以致清廷以为全蜀渐次底定，应当讲求善后经营天府之地，以四川之物力支撑其后对滇黔的攻势。
正在湖南战场于清军对峙的孙可望得知四川不稳，清军已占领大半个四川后，惟恐清军在四川站稳脚根后南犯贵州，遂派抚南王刘文秀统领援兵四五万人分三路入川，由建昌、叙永、彭水展开全面反攻。八月初九日，明军攻克叙府，据守该城的清兵全军覆没,总兵南一魁不知下落，总兵马化豹只身逃回，甲喇、牛录死难者数十余人。与此同时，孙可望麾下大将白文选也从永宁率部反攻重庆。
吴三桂、李国翰见明军势大，于八月十九日在夹江县同四川巡抚李国英紧急会商，决定全师北撤以保万全。驻守重庆的清军将领梅勒章京葛朝忠、佟师圣、白含真、镶红旗章京尹得才、总兵柏永馥、陈德、卢光祖于八月二十四日接到吴三桂的撤退命令，二十五日渡江北还。同一天，明军收复重庆，随即派兵尾追清军，在距离重庆一百二十里的停溪将清军包围，用火器四面围攻。二十八日，清军大败，梅勒章京白含真被活捉，永宁总兵柏永馥带着残兵败卒逃到保宁时，部下兵支离削弱，只收拢残兵百余人。
九月，吴三桂也率部退至绵州，接着又退到广元。如此一来，清朝在四川的临时省会保宁只有巡按御史郝浴和总兵严自明部下一百多名士卒。吴三桂、李国翰在兵败如山倒的形势下，已有放弃四川退入陕西汉中的打算。
巡抚郝浴却以“不死于贼，必死于法”劝说吴三桂、李国翰不可弃守保宁，四川巡抚李国英也拉住吴三桂，苦苦相劝：“王乃客兵，可以还汉；巡抚乃守土之臣，当与保宁共存亡。王自回汉，巡抚当星夜回保料理守具。”说完便辞别吴三桂及李国翰，带领手下的几百营兵拔营回保宁。
李国翰见状，犹豫之后对吴三桂道：“我等统领大兵恢川不得，若弃了保宁，丢了巡抚，我朝法度王所素知，复将何辞以对朝廷耶？”
吴三桂闻听后醒悟，飞使追回李国英，问他道：“我欲去守保宁，巡抚可有粮么？”
李国英道：“保宁粮虽无多，尚够兵马五个月支用。”
见保宁有粮可支撑，加上害怕失地保宁丢了巡抚的后果，吴三桂乃率部与李国韩一同回到保宁。
刘文秀在攻克叙州，追败清重庆守敌之后，一路上所向无敌，导致生了骄敌之心，其部进抵保宁城郊后，在没有充分把握的情况下，刘文秀决定强行全面攻城。吴三桂等眼看已经没有退路，惟有困兽犹斗、背城一战才可绝处逢生。
十月初八日明军主力齐集保宁城北，刘文秀登上东北山头指挥攻城。吴三桂通过侦察得知攻城明军中张先璧部战斗力最弱，决定集中兵力先打张军。李国英为迷惑明军，命部下绿营兵改打八旗正兵旗。
十月十一日黎明，刘文秀指挥大军攻城，兵马蔽山而下，炮声震天，南自江岸，北至沙沟子，横列十五里，前列战象，次用火炮、鸟铳、挨牌、扁刀、弓箭、长枪，层叠里许，蜂拥攻城。
辰时，吴三桂率部开门出城，直攻张先璧军。张部抵敌不住，纷纷逃窜，败兵把王复臣等部的军队冲得乱成一团。清军趁势鼓勇奋击，明军阵势已乱，立脚不住，这天中午即已全面崩溃。撤退时由于浮桥被砍断，致使大批将士无法过江，被清军追杀或落水而死。明灭虏将军王复臣、总兵姚之贞、张先轸、王继业、杨春普等先后被清军擒杀，损失士卒大半、战象三只、马骡二千三百余匹，刘文秀的抚南王金印也被清军缴获。
吴三桂于险胜之余，曾对左右叹息道：“生平未尝见如此劲敌，特欠一着耳。”
刘文秀率领残兵败卒返回贵州，孙可望深为不满，下令解除他的兵权，发回昆明闲住；张先璧则被乱棍打死。
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保安战役期间，因为双方谁也吃不下谁，明清双方在湖南战场上长期处于相持局面，在这段时间内，孙可望率部牢牢扼守着辰州、沅州、武冈一线，清军则守着常德、长沙、宝庆地区。顺治九年屯齐率领由尼堪带往湖南的满州八旗兵余部回京休整，此举让刚刚到任的五省经略洪承畴叫苦不已，忧心忡忡地向清廷连上数份奏报，要求清廷给他增兵，否则湖广局面不得改观。
洪承畴叫苦自有原因，顺治用他是为了执行当年多尔衮定下的“以汉制汉”之策，以避免满州八旗在南方战场损失过重，因此洪承畴一到武昌，顺治便急令在湖南的满州八旗兵由屯齐率领全部撤回北京，湖广战事完全由汉军旗和绿营负责。然而，洪承畴指定调集到湖南的兵马只有一万多人，加上原驻湖广、广西、四川的绿营兵也绝对难以同孙可望、李定国等指挥的南明军队相匹敌，实际可战兵员只不到两万。依为主心骨的满州兵一撤，汉军和绿营更是惶恐，面对当面的孙可望指挥的数万南明军队皆生惧意，不敢轻易生衅，若非孙可望此时也无力再在湖南发动攻势，湖南很可能因为屯齐部满州兵的撤离而尽落明军之手。
洪承畴知道仅仅凭借自己麾下的兵力要对付孙可望直接指挥的湘西、贵州明军和夔东十三家军队不仅不能克敌致胜，连守住湖北彝陵、荆州，湖南常德、长沙、宝庆一线都毫无把握。至于他经略范围内的广西大部分地区仍为南明大将李定国所控制，就更是力不从心。
再者湖南久经战乱之后，地方残破，所谓大敌在前，小寇在野。满兵络绎，加送迎之烦。而招徕一二难民亦复鼠窜。百姓不来，有司欲去。洪承畴驻节的长沙城更是满城极目萧条，宝庆城内城外无民无房，并蔬菜买卖俱无。
面对这样一个烂摊子，洪承畴一面竭蹶从事，努力组织绿营等汉兵固守地方，一面请求朝廷另遣满军助战，督促清廷命靖南王耿继茂迅速移镇广西梧州，实际意图是把攻取广西、牵制李定国部明军的责任推给广东的两位汉人藩王。
清廷收到洪承畴的奏疏以后，没有下旨让靖南王耿继茂移镇广西，但也知道单靠洪承畴节制的汉族兵马难以同明军一竞高低，于是顺治十年十二月，顺治任命固山额真陈泰为宁南靖寇大将军同固山额真蓝拜、济席哈等带领满洲八旗兵前往湖北、湖南镇守。陈泰被任命为宁南靖寇大将军后却没有统兵南下，而是等到屯齐部返回北京后才南下，时间一下就过去一年多。
顺治十二年四月，陈泰派出的先遣八旗兵固山额真济席哈和蓝拜的军队才进入湖南，他本人带领的军队行至湖北监利县境因江水泛滥，河堤冲决，无法前进，直到病死军中也未能到达湖南。
固山额真济席哈和蓝拜统领的八旗兵到达湖南后，孙可望自知斩将搴旗非己所长，决定重新起用因保宁战役被削去兵权的抚南王刘文秀。可是，刘文秀自从保宁战败被剥夺兵权后日趋消极，他废居昆明时甚至想进山学道。孙可望几次召他至湖南都不至，最后在孙可望的坚持下刘文秀才出任“大招讨”一职，永历九年（伪顺治十二年）春，刘文秀才率领大将卢名臣、冯双礼等部马、步兵丁六万、象四十余只，踏上了东攻湖广的征途。四月，刘文秀部集结于湖南辰州，计划先攻占常德，切断洞庭湖西面湖北、湖南的通道，然后收复长沙、衡阳、岳州，得手后再北攻武昌。
按照刘文秀的部署，明军进攻常德采取水陆并进的方针。刘文秀派卢名臣率领一支军队乘船由沅江前进，自己率军由陆路进发。明军出发之时正值涨水季节，卢名臣部乘坐一百多艘船只顺江而下，四月十七日即攻克桃源县，活捉清朝知县李瑢。可是，刘文秀亲自带领的主力却因为连日下雨，溪水猛涨，道路泥泞，行进非常困难，马步兵滞留数十日，根本无法同卢名臣所统水路军队配合作战。
洪承畴和陈泰得到刘文秀大军入湘的消息后，迅速作出对策，除了从衡州等地抽调军队回守省会长沙外，五月初十日，调遣荆州满洲八旗兵赶赴常德，加强防御力量。五月二十三日夜，卢名臣部进至常德城下，遭到优势清军伏击，由于得不到陆路明军的支援，激战到次日，卢名臣中箭落水殉国，水路明军几乎全军覆没。
战后，清军加强了面对辰州的防务，刘文秀水、陆两路夹攻的计划宣告失败，卢名臣的阵亡又严重影响了军心士气，刘文秀只得放弃攻取常德的计划，带领军队退回贵州。孙可望对刘文秀的举措深表不满，又一次解除他的兵权，让他返回云南昆明闲住。
孙可望任命刘文秀为大招讨，本意是让他在永历八年率军由湘出长江，同张名振等会师夺取江南。当时屯齐部清军北撤，陈泰部清军尚未南下，正是一举击破清经略洪承畴拼凑的汉军、进取江南的大好时机。可由于孙可望的图谋篡位，欲图取明自代，一向反对此举的刘文秀不愿按孙可望的策略行事，以免孙可望借此成功篡位，结果他的按兵不动导致孙可望意图和张名振东、西会师江南的计划全盘搁浅。
常德之役后，刘文秀无功而返，陈泰也随之病死，虽常德之役明军战败，但清军也没有取得任何南明地盘，基本上仍是在湖南西部同孙可望部明军对峙。
对峙数月后，清军派往明军控制区的探子却传来惊天消息——孙可望和李定国内讧，李定国已率部冲破孙可望设在广西田州的防线直奔贵州而去，此举明显是冲永历而去！